Основной ущерб биоразнообразию в Кемеровской области был нанесен в ходе хозяйственной деятельности, которая получила развитие в середине XX века. Кузнецкая котловина стала ее эпицентром. Степные и лесостепные ландшафты, лесные экосистемы испытали сначала воздействие сельского хозяйства, а затем — угледобывающей промышленности.

В результате за последние 65 лет существенно изменились не только растительный покров территории, но и геоморфология, основа биологического разнообразия Кузнецкой котловины существенно подорвана. Степень нарушения ландшафтов в Новокузнецком, Ленинск-Кузнецком, Беловском и Прокопьевском районах является наглядным примером того, что на протяжении десятков лет экосистемы самостоятельно не восстанавливаются с выраженным экологическим эффектом, особенно в местах, где не проводится горно-технической рекультивации. Осложняет ситуацию непрекращающееся интенсивное вовлечение территорий Кемеровской области в промышленное освоение.

К прогрессирующим угрозам биоразнообразию Кемеровской области на сегодняшний день следует отнести добычу минеральных ресурсов, и прежде всего угля. Доля области в запасах России составляет: угля – 47,9 %, железных руд – 14 %, марганца – 63 %. Около 500 предприятий области представляют угрозу размещением твердых промышленных отходов (отвалов), выбросами и сбросами.

К другим существующим угрозам биоразнообразию относятся: лесные пожары, перевыпас скота, браконьерство и нелегальная торговля редкими и исчезающими видами растений, а также неконтролируемый туризм.

Существует три основных пути сохранения биологического разнообразия:

а) создание резерваций ненарушенных или малонарушенных природных территорий (так называемых, естественных «генетических фондов» биоразнообразия) на базе ООПТ;

б) сохранение видов в искусственных условиях, вне природных мест обитания;

в) реставрация ландшафтов.

Для того чтобы сохранить качественную природную среду, неопасную для человека, необходимо в промышленно развитых районах исключить из землепользования часть территорий, имеющих наибольшую ценность с позиций сохранения биоразнообразия, и присвоить им природоохранный статус. При этом все ООПТ должны обладать достаточно крупными размерами и иметь связь между собой через природные коридоры. Таким способом будет достигаться жизнеспособность природных резерватов, и биоразнообразие сможет сохраняться в течение неопределенно долгого времени.

Другой мерой сохранения биоразнообразия является изъятие видов из тех мест, где предполагается проведение производственной деятельности и этим видам грозит неминуемая гибель. Животные могут содержаться в вольерах, микрозоопарках. Растения переносят и культивируют на территориях ботанических учреждений. В перспективе возможна реинтродукция сохраненных видов в места их природного обитания.

Реставрация ландшафта, или воссоздание первоначального рельефа, а затем экосистем по типу коренных применяется для восстановления биоразнообразия на техногенных территориях. Для этого проводят формирование прежнего типа ландшафта. В отличие от создания природных резерваций, восстановление природного ландшафта требует значительных затрат, при этом цель воссоздания первоначальных экосистем в некоторых случаях может быть труднодостижима или чрезмерно дорога. Так, например, полная возрастная структура лесных экосистем может сформироваться только лишь через 250-300 лет. Первоначальный профиль почвы возникнет не раньше, чем через несколько тысячелетий. Хотя биологические функции почвы могут быть восстановлены уже через 5-8 лет. Таким образом, истинное восстановление может быть неосуществимо, но к нему необходимо стремиться.
С вопросами реставрации ландшафтов тесно связана проблема рекультивации земель.

Переход угольной отрасли Кузбасса из государственной собственности на частную, который сопровождался ослаблением контроля государственных органов над восстановлением нарушенных территорий, привели к тому, что в период с 1991 по 2000 гг. темпы рекультивации снизились до критического минимума. Поэтому многие 10-15 летние отработанные отвалы восстанавливались под воздействием природных факторов. В результате на нарушенных территориях сформировались растительные группировки, находящиеся на разной стадии сукцессионного развития. Так как большинство отвалов сложены низко плодородными горными породами, склоны не подвергались выполаживанию, не проводились мероприятия по улучшению эдафических условий, то и развитие растительного покрова чаще всего ограничивалась первой и второй стадией растительной сукцессии. Случаи формирования растительных сообществ, близким по основным показателям к естественным, довольно редки и приурочены к предгорным областям.
На современном этапе от горнодобывающих предприятий требуется проведение рекультивации в строгом соответствии с проектом. Многие предприятия имеют проекты рекультивации, разработанные по советским нормам и правилам, поэтому требуют корректировки. Одной из важных проблем становится рекультивация территорий, которые прошли стадию самовосстановления с выраженным экологическим эффектом. Однако существующее законодательство не предусматривает возможность сдачи таких земель как рекультивированных. Поэтому необходимо совершенствовать объективные критерии и методику расчета пригодности нарушенных территорий к рекультивации.