В рамках Проекта «Задачи сохранения биоразнообразия в политике и программах развития энергетического сектора России» в Амурской области завершены работы второго этапа проекта «Реализация мероприятий по компенсации негативного воздействия от строительства Нижне-Бурейской ГЭС на растительный и животный мир, попадающий в зону затоплением водохранилища».
В результате строительства Нижне-Бурейской ГЭС в зону будущего затопления попали места произрастания 5 видов растений, встречающихся в Амурской области только в долине Буреи. В их числе – один вид, занесенный в Красную книгу России, и два вида – занесенные в Красную книгу Амурской области. Под затопление попадают также места гнездования редкой утки мандаринки, сократятся площади угодий, пригодных для обитания копытных животных, из-за изменения гидрологического режима реки ухудшатся условия обитания редких околоводных видов птиц – дальневосточного аиста, японских и даурских журавлей в нижнем бьефе строящейся станции. 
В связи с этим, Проект ПРООН/ГЭФ-Минприроды России реализует на территории области целый ряд мероприятий, направленных на снижение и компенсацию негативных последствий от создания Нижне-Бурейской ГЭС.
В частности, проведен значительный объем биотехнических мероприятий – построено 25 комплексов для подкормки копытных животных, состоящих из кормушек для зерноотходов и сена, солонцов, «чесален» для кабанов. В комплексы завезено значительное количество зерна и соли для подкормки животных. Охотоведы рассчитывают, что создание этих сооружений значительно повысит качество угодий и позволит отвлечь копытных животных – изюбрей, кабанов, косуль, из ложа будущего Нижне-Бурейского водохранилища, что будет способствовать сохранению этих животных в момент заполнения водохранилища и в первые годы его эксплуатации.
Вдоль побережья водохранилища и в нижнем бьефе Нижне-Бурейской ГЭС развешано 40 дуплянок для мандаринки. Сейчас эта небольшая охраняемая утка, обитающая в Амурской области на северной границе своего ареала, гнездится в дуплах деревьев, растущих на многочисленных островах Буреи, которые будут затоплены после создания водохранилища. Для того чтобы компенсировать мандаринке потерю мест обитания, экологи и устанавливают искусственные гнезда в местах, которые не попадут в зону затопления. Эта работа является уникальной для Дальнего Востока России, т.к. более нигде попытки улучшения условий гнездования мандаринки не предпринимались.
В нижнем бьефе будущего водохранилища экологи установили 5 искусственных гнездовых опор для дальневосточного аиста – еще одной редкой птицы, гнездящейся преимущественно в российской части бассейна Амура. Эта крупная птица строит огромные гнезда до 2 метров в диаметре и массой до 300-500 килограмм. Поэтому главной проблемой для нее является поиск больших деревьев, способных удержать такое гнездо. Тем более, что само дерево должно быть с усыхающей кроной, потому что иначе птица просто не может на него сесть. Таких деревьев на юге Амурской области не очень много, что серьезно ограничивает возможность для роста численности популяции. Поэтому несколько лет назад амурские экологи начали устанавливать для птиц искусственные опоры – треноги из толстых деревянных жердей. Эти сооружения продемонстрировали очень высокую эффективность – птицами заселяется до 90% установленных опор. Решено было построить такие опоры и на Архаринской низменности, на которую Нижне-Бурейской ГЭС будет оказано серьезное осушающее воздействие, в результате чего изменятся условия обитания аистов и птицы будут вынуждены мигрировать в более подходящие условия. Именно здесь и были установлены искусственные гнездовые опоры. А попутно экологи опилили и 18 подходящих деревьев, чтобы еще более расширить базу мест, пригодных для гнездования аиста.
Для того, чтобы предотвратить исчезновение пяти наиболее угрожаемых видов растений, учеными-ботаниками из Амурского филиала Ботанического сада-института ДВО РАН было предложено пересадить часть экземпляров растений на участки, обладающие сходными условиями и расположенные в нижнем бьефе водохранилища – в южный кластер Бурейского природного парка. На новое место переносятся узколокальные эндемики – редкие растения, которые в Амурской области пока найдены только в долине Буреи в ходе мониторинга зоны влияния Бурейского гидроузла: это папоротники алевритоптерис Куни, вудсия многорядниковая, многорядник укореняющийся, а также высшие растения – селезеночник ложнофари и траутветтерия японская. Всего за время работ было перенесено около 200 растений всех пяти видов.
Мероприятия активно поддерживались ОАО «Нижне-Бурейская ГЭС», предоставлявшей транспорт для осуществления работ, строительные материалы, жилье для специалистов, информационную поддержку проводимых работ.
Необходимо отметить, что все проводимые мероприятия являются уникальными для российской гидроэнергетики. Пожалуй, впервые в истории российских ГЭС проведение компенсационных мероприятий началось до момента заполнения водохранилища. Это позволило заранее оценить наиболее значимые негативные последствия от создания ГЭС, разработать и реализовать первоочередные компенсационные мероприятия еще на этапе строительства, что, безусловно, будет способствовать более эффективному сохранению биоразнообразия в зоне влияния каскада Бурейских ГЭС.